Филогенез – историческая эволюция таксонов от общих предков, реконструируемая по данным сравнительной морфологии, палеонтологии, молекулярной филогенетики и биогеографии. Современные деревья строятся методами максимального правдоподобия и байесовской инференции с моделями эволюции последовательностей (GTR, HKY, JC69), калибруются «молекулярными часами». Макроэволюционные паттерны включают адаптивные радиации, конвергенцию, коэволюцию и массовые вымирания; микроэволюция описывается изменением частот аллелей под действием отбора, дрейфа, миграции и мутаций. Связь с онтогенезом исследуется в рамках эво‑дево (консервация регуляторных генов Hox, модулярность развития).
ФИЛОГЕНЕЗ — термин энциклопедии по психиатрии.